El Centro Mesoamericano de Desarrollo Sostenible del Trópico Seco (CEMEDE) se crea en 1992, cuando se conforma una comisión multidisciplinaria para elaborar una propuesta técnica de creación de un centro que permitiera contribuir en el desarrollo sostenible en el trópico seco, mediante la investigación multidisciplinaria brindando alternativas de solución a éste desarrollo, además ofreciendo capacitación a nivel de postgrado en el trópico, para todo el ámbito mesoamericano, y su lugar de operaciones sería en la Sede Regional Chorotega en el Campus Nicoya.

El CEMEDE operaría en la región de Nicoya realizando investigaciones interdisciplinarias y mediante el Acta Nº1509 del Concejo Universitario (CU) del 10 de setiembre de 1992 se toma el acuerdo de aprobación para la creación del CEMEDE en la Universidad Nacional, el 03 de abril del 2003 -SCU 551- (Acta N. 2464), el CU acuerda: “Declarar de interés y prioridad institucional el impulso del proceso que conduzca a que en el corto plazo se ponga en ejecución el programa académico institucional de naturaleza interdisciplinaria CEMEDE, físicamente ubicado en la Región Chorotega de Costa Rica, cuyo objeto de trabajo será la problemática ambiental, económica, social, cultural, política de las comunidades, regiones y naciones comprendidas en la Región Mesoamericana del Trópico Seco”. En el año 2004 inicia sus operaciones en el Campus Omar Dengo y en el año 2005 se traslada al Campus Nicoya, en aquel momento adscrito a la Dirección de Extensión (hoy día Vicerrectoría de Extensión). En el año 2012 el CEMEDE se adscribe a la Sede Regional Chorotega de la Universidad Nacional.