CEMEDE es una unidad estratégica académica integral, disciplinaria o interdisciplinaria, que articula sistemáticamente subprogramas, proyectos y actividades para atender y dar soluciones a la problemática económica, social, ambiental, política y cultural de la región Mesoamericana. Se trabaja en conjunto con otras unidades académicas de la Universidad Nacional, con otras universidades y entes estatales, así como con organizaciones públicas y privadas de carácter nacional e internacional. El CEMEDE ha venido funcionando en la Sede Regional Chorotega a partir del 2005 pero inicia operaciones en el año 2004 en el Campus Omar Dengo, Heredia, trabajando en diferentes áreas temáticas del desarrollo sostenible, donde se han ejecutado más de 30 proyectos de investigación y extensión, así como diferentes actividades académicas como  seminarios, simposios, talleres, cursos, conferencias, mesas redondas y congresos.

Los proyectos de investigación y extensión desarrollados representan en primer lugar un esfuerzo sistemático por entender y dar respuesta a los principales problemas que enfrenta la Región Mesoamericana como un todo. En segundo lugar, son el reflejo de la política de alianzas institucionales desarrolladas en la región y el accionar de la Sede Regional Chorotega de la Universidad Nacional.